雖然名字叫水迷宮，實際上就是一大盆水，與我們熟悉的繞來繞去的迷宮并沒有關系。說是水盆，還是有點要求的。首先是顏色。因為實驗鼠典型的分為黑色與白色，所以早期的水盆會分成白盆和黑盆，但那樣太麻煩，所以目前一般都提供中性顏色（如藍色，灰色）的水盆，以適應各種顏色的實驗鼠。

    一個完整的水迷宮實驗包括 提示（Cue Trials）, 習得（Response acquisition trials）, 檢驗與消退（Probe and extinction trials） 這樣三個階段，“增強”版水迷宮實驗會在消退后進行新（位置）的提示與習得實驗。實驗訓練階段連續進行3d，每天訓練4次。訓練時，將大鼠面向池壁從四個入水點分別放入水池，記錄大鼠從入水到找到水下隱蔽平臺并站立于其上所需時間，作為潛伏期，用秒（ s）表示，大鼠找到平臺后，讓其在平臺上站立10 s。若入水后60 s大鼠未能找到平臺，則將其輕輕從水中拖上平臺，并停留10 s，然后進行下一次訓練。每只大鼠從四個入水點分別放入水池為一次訓練，兩次訓練之間間隔30 s。

    實驗室內的環境和實驗者的位置都可作為大鼠搜索目標時的參照物，因此，實驗室內設備和實驗者的位置應相對固定。實驗時水迷宮實驗室應當保持安靜，光線柔和而均勻。